در فروردین سال 46، آیتالله سید حسن قمی به دنبال یک سخنرانی در اعتراض به آییننامه جدید وزارت فرهنگ که تهدیدی علیه استقلال روحانیت تلقی میشد دستگیر و تبعید شد. در پی دستگیری آیتالله قمی، بلافاصله آیتالله خامنهای از آیتالله میلانی خواستند تا به این اقدام واکنش نشان دهد. در چنین شرایطی ساواک با اطلاع از فعالیتهای آیتالله خامنهای و حمایت ایشان از آیتالله قمی، دستگیری و بازداشت ایشان را در دستور کار قرار داد.براساس ارزیابی ساواک، فعالیتهای آیتالله خامنهای «مصالح رژیم پهلوی» را به خطر میانداخت.
بدینترتیب دستور دستگیری ایشان در روز دوازدهم فروردین صادر شد.سرتیپ بهرامی، رئیس ساواک خراسان، از شهربانی خواست تا ایشان را فورا بازداشت کرده و تحویل ساواک دهند. لذا در 14 فروردین همان سال، آیتالله خامنهای در حالی که در مراسم تشییع پیکر آیتالله شیخ مجتبی قزوینی حاضر بودند توسط شهربانی مشهد دستگیر و به اداره ساواک منتقل شدند.پس از بارجوییهای اولیه، اداره دادرسی ارتش در بیست و ششم فروردین حکم بازداشت موقت ایشان را صادر کرد. با فرا رسیدن ماه محرم، حضرت آیتالله خامنهای ضمن برگزاری نماز جماعت در زندان به ایراد سخنرانی هم میپرداختند. گفتنی است که در تمام این مدت ساواک حتی اجازه ملاقات را نیز از ایشان منع کرده بود. پایگاه مرکز اسناد انقلاب اسلامی این خبر را منتشر کرده است.